戰后復興的東京、少年偵探金田正太郎和他的“鐵人28號”一起解決了一個接著一個的困難事件但是在戰爭中行蹤不明的正太郎的哥哥出現在了正太郎面前(正太郎的哥哥也叫正太郎故下面用SHOUTAROU代替)為了戰爭而接受鐵人操控訓練后返回日本的SHOUTAROU卻得知了博士的遺言為“將鐵人留給弟弟正太郎”而現在的日本也已恢復了和平他的存在似乎變得毫無價值但SHOUTAROU還是接受了這個現實并向弟弟正太郎傳授鐵人的操縱技術與此同時東京埋藏著“廢墟彈”的事實也被暴露了出來那是鐵人28號的開發者金田博士研制出來的最終兵器如果這個武器爆炸的話東京將化為一片灰燼SHOUTAROU傳達了金田博士的另一個遺言:廢墟彈的所在地只有鐵人才知道……于是正太郎一行人開始積極準備廢墟彈的回收處理工作但卻突然出現了一個名叫“白晝的殘月”的復員兵人他指責正太郎沒有持有鐵人的資格并不斷的企圖殺死正太郎干擾回收工作現在被鐵人和廢墟彈掩蓋起來的可怕事實正在慢慢變得清晰……